与此相联系，作为中书省最高长官的宰执，也体现出位高权重的特点。
宰执中居于首位的右丞相，除个别非常时期以外，必由蒙古贵族担任，其余宰执则参用各族上层分子。
中书省工作时，宰执们列坐一堂，就所议之事各抒己见，最后由右丞相作出决断。有时讨论重大决策问题，也往往由中书省召集枢密院、御史台、六部等机构有关官员举行集体会议。实际上，中书省在中央统治机构中占有突出的地位，具有统率百司的职权。
实际上，枢密院和御史台也要接受中书省的领导。
此外，忽必烈又在中央设置了宣政院，掌管全国佛教事务和吐蕃地区事务，这是忽必烈仿汉制创设的一种新的机构，历史上不曾有过。
又设置了大宗正府，负责审理诸王、驸马投下中蒙古色目人的犯罪案件和汉人南人中的重大刑事案件，与前代宗王府主要管理皇族事务有所不同。
大蒙古时期的最高刑政长官札鲁忽赤，因为中书省宰执分割了他的行政权，于是变成了大宗正府单一的司法长官。忽必烈在中央还设有宣徽院，除掌管前代宣徽院所掌管的朝会、宴享、祭祀、礼仪、御膳等事务外，还掌管征收漠北蒙古人赋税、诸王宿卫怯怜口名籍、选送和推荐怯薛人员、抚恤蒙古部落，等等。还设置翰林国史院，负责纂修国史、起草制诰文书、备皇帝顾问等。又创设通政院掌管全国驿站，大司农司掌管全国农桑水利等。