徐有功经常在朝堂之上启奏案情，议论是非曲直，武则天声色俱厉地责问他，左右的朝臣们无不战栗，徐有功神色自若，不屈不挠，争辩得更加直切。不久，徐有功调任秋官员外郎，又升任秋官郎中。
道州刺史李仁褒及其弟长沙令李榆次被酷吏唐奉诬陷，说他们私下里议论天下大势，要推翻武则天，恢复李姓。武则天最恨的就是这个，当然要把兄弟二人处斩。徐有功又坚持争议，力图免去二人死刑，但终于没能成功。
由于当时朝廷里的人只要告发别人，往往就能够升官，就更容易取得武则天的信任，所以周兴就趁此机会弹劾徐有功，向武则天启奏道：“我听说两汉旧例，阿附臣下，欺罔君上者，处以腰斩的刑罚，当面欺罔君上者，也处以斩刑。另外，《礼》中说：出言破坏法令制度者，处死刑。徐有功故意为谋反的罪犯开脱罪行，那是犯下不赦之罪，请将他下狱审讯定罪。”武则天虽然没有答应将徐有功下狱问罪，但徐有功终于还是因此被免官。
过了很久，周兴和来俊臣等人弄得天怒人怨，武则天就又起用了徐有功，让他任左台侍御史。当时，远近的人们听说徐有功又被授予官职，都高兴地相互庆贺。
