（三）国民党军有较为复杂的派系渊源，在所谓黄埔嫡系的“中央军”和由地方军阀收编的“杂牌军”之间、在“中央军”指挥官的不同出身与人脉关系之间，存在着或大或小的复杂矛盾。1946年上半年的精简整编更加剧了这种矛盾。加之国民党军统帅部的指挥层次过多，叠床架屋，“建制常被分割，指挥系统重复而紊乱”，军以上的指挥架构竟有多至四五级者，更有不少指挥官非有蒋介石手令不肯积极行动，而蒋个人的精力与能力总是有限的。这就导致国民党军的协同行动多不成功，各战场之间，各战场内部，军与军、师与师之间，少有协同配合的成功范例，以致形成恶性循环，固守部队对增援部队缺乏信心，不敢坚持，总在仓促突围中被歼；而增援部队则认为固守部队不会坚守，救援缓慢，又成为中共部队围点打援之对象。连蒋介石也不得不承认：“我们一般赴援部队因为在未出发的时候不先加研究，更没有切实的准备作积极的行动，而只怕在中途被匪军伏击或包围，这样一开始便没有信心，就存着不能达成任务的心理。同时被围的部队因援军不能及时达到，又不相信援军能达成其增援目的，因而不敢持久固守，宁可冒险突围，以致全部覆灭。”在这方面，中共部队胜于国民党军。经过八年抗战的实战磨合，中共基本形成了在中共中央领导下的既有高度集中统一，又在一定程度上照顾到历史渊源的战区指挥系统，原先的地域界限已渐为战区内部的统一指挥所消融，战区内部部队之协同配合甚少发生问题；发展到1948年底至1949年初的三大战役时，中共已可在相距千余里的全战区范围内进行成功的协同配合。